O HSJ iniciou sua atuação em 31 de março de 1970. Atualmente são mais de 700 funcionários dedicados aos serviços de saúde, com capacidade de internação de 126 leitos, sendo 7 leitos de UTI. É ainda hospital de ensino, credenciado pelos Ministérios da Saúde e Educação, com residência médica em infectologia, Hospital-Dia para atendimento ambulatorial, serviço de internação em enfermaria, UTI, serviço ambulatorial para AIDS, Tuberculose, Ginecologia, Hepatite e Leishmaniose. Possui como missão prestar assistência qualificada e humanizada em doenças infecciosas, sendo instituição de ensino e pesquisa.
O Hospital São José foi criado como objetivo de promoção dos cuidados a pacientes com doenças transmissíveis, daí hospital de isolamento. Com o passar dos anos, esse perfil foi mudando, considerando o surgimento de vacinas. Com a AIDS, no início dos anos 80, o HSJ voltou-se também para o acolhimento dos pacientes soropositivos para o HIV.
Foi então a época de surgimento de uma nova política de humanização do atendimento em saúde, adotado pela unidade e que hoje é essencial para o tratamento doas diversas doenças no hospital e que se destaca em sua atuação como no Programa de Atendimento domiciliar (PAD), a Brinquedoteca e tantos outros, bem como o destaque para o tratamento de tuberculose.
Desde então, o Hospital São José é referência no tratamento das doenças infecciosas, a partir de iniciativas, conhecimento científico, pioneirismos, tudo isso aliado ao desenvolvimento tecnológico e competência profissional, tornando-o um hospital público que concentra excelência em toda sua atuação, de renome nacional e internacional.
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